Apt

/etc/apt/sources.list - список репозиториев
/var/cache/apt/archives - директория содержит архив пакетов, установленных в систему

Сеть

/etc/resolv.conf - список DNS-серверов
/etc/services - стандарты well known ports (процесс/порт)

Hard disk

/dev/disk/by-uuid/ - разделы и их uuid (ls -l /dev/disk/by-uuid/)
/proc/partitions - список разделов с размером

Остальное

/etc/usplash.conf - файл конфигурации usplash
/etc/rc.local - запуск вашего скрипта при старте компьютера
/boot/grub/menu.lst - конфигурационный файл Grub
/ets/fstab - конфигурация монтируемых устройств
/var/log - содержит в себе файлы логов (протоколов работы) программ